兴平元年（194年），三辅大旱，谷价腾贵，一斛谷值钱50万，长安城中甚至发生了人吃人的事件。刘协命令侍御史侯汶出太仓米豆煮粥救济百姓，但因为粮食不够仍然有很多人饿死。刘协怀疑侯汶没有如实用全部粮食赈济灾民，而是趁机侵占公粮，于是派人取米、豆各五升在自己面前熬成粥，最后可以煮出两盆，证实是侯汶作弊，于是责打侯汶五十廷杖。之后，长安城中饥民得到了救济。
兴平二年（195年），李傕杀樊稠，与郭汜在长安城中各自拥兵相攻。刘协派尚书、侍中去为李、郭二人和解，二人不从。为了争得政治上的主动权，郭汜阴谋将刘协劫持到自己的军营，不料未等郭汜下手，消息已经走漏，李傕抢在前面，派兵将刘协、皇后、宫人及大臣们劫去。李傕、郭汜相攻数月，死者万数，长安城几乎变成一片废墟。不久，刘协在原李傕部将杨奉、牛辅部曲董承等的护卫下，摆脱了李、郭的控制，逃往弘农，进驻安邑，又辗转东行。[3]
迁都许昌
建安元年（196年）秋，刘协在杨奉、韩暹的护送下回到洛阳。时任兖州牧曹操在荀彧的劝告下派兵迎接刘协，不久又在董承的密召下亲自带兵去洛阳，刘协拜曹操为司隶校尉、录尚书事，并随曹操迁都许县（今河南许昌），升曹操为司空，行车骑将军事。[5][28]
当时中原地区袁绍和曹操两大军阀正进行着频繁的政治和军事斗争。孙策占据了江东，刘表占据了荆州，刘璋割据益州，韩遂、马腾占有凉州，公孙度盘踞辽东。刘协东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢先率军进驻洛阳，取得了“挟天子以令诸侯”的地位。迁都许县后，刘协是一个没有实权的皇帝，只能“守位”，汉廷百官也只是“备员而已”。[26-27]后来曹操于建安十三年（208年）升丞相[24]，建安十八年（213年）封魏公，加九锡。[30]曹操虽然利用刘协来试图实现他统一中国的目的，却不敢直接取代他而自立为皇帝。[5][6]
不甘傀儡
建安五年（200年），刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操。董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等一起密谋，结果事情败露，董承等人都被曹操诛杀，怀孕的董贵人也被绞杀。伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。后来有议郎赵彦曾为刘协陈述时局对策，曹操听说后将赵彦杀死。其后曹操觐见刘协，刘协愤怒地说：“君若能相辅，则厚；不尔，幸垂恩相舍！”按照汉朝制度，曹操这种“三公”带兵觐见皇帝是有虎贲持刀挟行的，所以曹操听到刘协这番可能含有杀机的话之后大惊失色，请求马上离开，离开后顾视左右，汗流浃背，此后不再觐见刘协。[22]
建安十九年（214年），伏皇后要求其父伏完诛杀曹操的密谋败露，曹操要挟刘协废黜伏皇后，并代刘协写好了废黜伏皇后的诏书。接着，派御史大夫郗虑拿着诏书，同尚书令华歆一起带兵包围皇宫搜捕皇后。伏皇后藏到宫中的夹墙里，被华歆拖出。伏皇后披头散发赤脚走出，向刘协哭诉求救，刘协无奈地说：“朕也不知道自己的生命什么时候结束！”回过头来对郗虑说：“郗公！天下有这道理吗？”伏皇后被幽禁而死，刘协与她所生的两位皇子亦以毒酒毒杀，伏氏宗族百余人被处死。[22]