随着闻香教的平定，胶东三府也重新稳定了下来。
朱由检下旨，从军中抽调了部分官兵留下来充任保甲官员，或者在府县衙门担任班头捕快，使得三府建制更加完善。
从衙门里的七房书吏（在吏户礼兵刑工六房基础上加了商房）到保甲官吏，都是朱由检委派之人，再加上清田司和巡察司，胶东三府从此以后便彻底掌控在手中。
另外的三府，济南府和兖州府也清理了吏治，府县上下官吏被换了一个遍，不过朱由检没有再设立保甲，一是手头实在缺人，再就是做的太过的话担心遭到士绅反弹。
根据锦衣卫送来的情报，自己在山东的行为已经使得江南等地的士绅人心惶惶，生怕自己南巡到江南后也来这一遭。
所以，对山东剩下的一个东昌府，朱由检忍住了没再动手。
东昌府位于鲁西北，地处平原，和河南河北交界，运河从东昌府经过，在整个山东算是最膏肥之地。若是再动了东昌府的话，恐怕真的会引起天下士绅人心惶惶。
动乱平定了，自然没有必要再保留数万大军。朱由检下旨，赵率教率京师禁卫返回，辽东禁卫也渡海返回辽东。不过周遇吉却被留了下来，出任山东总兵。
“朕再给你一个锦衣卫指挥使的身份，你在山东的任务是统领巡察司和清田司，实际负责监督管理山东官吏，让山东最终和辽东、延绥一样。”朱由检吩咐道。
当然，山东总兵的官职是真的，锦衣卫指挥使只是虚职，实际并不管任何锦衣卫事务。
周遇吉苦着脸道：“末将担心做不来，陛下您让我打仗行，让我管理政务，我根本没有干过啊。”
朱由检鼓励道：“你也是武进士出身，能统兵便能治民，古之名将哪一个不是出将入相？朕相信你，能做好的。”
若不是手下实在无人能独当一面，朱由检也不想用周遇吉啊，真的是没有办法。
“是，末将必竭尽全力不负陛下所托。”周遇吉挺起胸来答应道。出将入相，若是别人说周遇吉只当笑话，但出自朱由检之口那又不一样。虽然现在大明的官职武将根本就没有入相的任何可能，但是架不住皇帝不走寻常路啊，陕北，辽东，三边，哪一处不是颠覆了原来的制度？
“陛下，周总兵他行吗？”周遇吉走后，温体仁忧心忡忡的道，他很不看好周遇吉这样的年轻武将能管好一省事务。而且以山东总兵的名义管理官吏，颇有些名不正言不顺。
“我总不能直接任命他为山东巡抚或山东总督吧，那才会引起轩然大波，只能暂时这样了。”朱由检叹道。
“或者，若是温爱卿你愿意的话，可以做山东总督，代替周遇吉管理山东政务。”朱由检突然说道。
“啊？”温体仁愣了一下，连忙推却，“臣看周总兵可以的，毕竟各府都有清田司和巡察司，他只是总体负责而已，具体事务也没有太多，至于臣，还是陪伴在陛下身边吧。”