虽然击败了江西反贼，控制了整个南京，但接下来还有很多仗要打。要出兵攻下江西，抓住胆敢自立为监国的朱由崧，还要兵发湖广，消灭胆敢造反的湖广叛逆。浙江福建，广东都有士绅聚众造反，也都得派遣大军一一平定。
总而言之，至少需要数年时间，才能彻底平定整个长江以南。
出兵打仗自然需要军队，对地方军队朱由检根本不信任，而且击败反贼占领各地以后，还要进行均田建立乡镇，更需要强大的军队为后援。
所以，招募新兵，建立一支强大的江南禁卫军势在必行。现有的十余万禁卫军，主要布置在九边，要对付建奴余孽，还要监控漠南的蒙古人，不能轻易调动。
至于现在南京城内这两万禁卫军，有将近一半是李彦直的福建水师，主要任务是控制大明海疆，为海贸保驾护航，此次调来已经是迫不得已，而正因为他们的调离，才使得福建士绅胆子变大，竟然敢在福建聚众造反。
此次大战，福建禁卫军损失很大，出征时一万余人，现在剩下只有七千余，损失将近三成。现在南京之战结束，无论是为了扑灭福建士绅造反，还是重新控制海疆，都必须把他们迅速调回福建。
海贸利益巨大，朱由检根本无法放弃，若是福建水师长久不归，海上敌对势力必然蠢蠢欲动，说不定会攻击海贸商行的船队，好容易控制的海贸说不定会出现乱子，朱由检可不想看到这种情形出现。
剩下的万余精兵，有三千是张世泽所部延绥兵，剩下的都是护卫朱由检南巡的京师禁卫军。张世泽早晚要率部返回延绥，朱由检也不能久离北京，这些军队都得调回。所以必须编练新军，才能控制整个江南。
至于江南禁卫军新军兵源，主要有三个方面。一是那八万江东农兵，再就是俘虏的十多万反贼兵，第三就是洪承畴征召的数万南京乡勇。
江东农兵，从征召到现在不过一个多月时间，操练的时间太短，连统一的军装都没有，根本算不得军队，最起码距离禁卫军的标准还很远。
若是论兵源的话，其实以江东农兵最为合适。因为已经开展的分田分地，翻身做了主人，这些农兵忠心方面完全没有问题。而且都是农民，踏实肯干，老实听话，是最好的兵源人选。而最重要的是这些农兵都经过了一段时间的操练，有了一定的基础。
不过一支军队不能都是一个地方的人，不然将来肯定会在军中出现地方军官团体。而且这八万全部加入的话数量也太多，而江东各府失去了这八万壮劳力，对地方发展也会有影响。很多农兵是家里的顶梁柱，还有好多是独生子，根本不适合长时间当兵在外。
在和洪承畴、袁可立等人商议后，经过慎重考虑，朱由检决定给江东农兵四万名额，也就是说，会从这八万人中抽调四万人编入禁卫新军。
禁卫军的待遇众所周知，平均饷银是其他军队两倍以上，而且饷银按时发放从不克扣，一人当兵所获饷银，足以养活一家。最重要的是禁卫军的地位，每年地方乡镇官吏的人选会从禁卫军退役官兵从挑选。普通禁卫军士兵退役归乡之后，当个村长，或者在乡镇政府中当个吏员毫无问题。