江北省立后，设巡抚衙门于淮安，布政使司、按察使司同设淮安，巡抚掌总，布政管民政，按察管刑律。
大顺沿明制，巡抚、布政使皆为从二品，按察使则为正三品。江北所辖扬州、淮安、徐州、通州四府知府统为正四品。
此外，淮安还设有协理漕运衙门，此衙门是在前明总督漕运衙门基础上改建而来，由正二品总督降格为正四品协理，所属理漕参政、监兑、理刑、主事等官皆六七品不等。
同前明将漕运重心放在淮安不同，大顺将漕运重心放在了山东济宁，于此地设总理漕运衙门，总理便是前明降将，曾任山东招抚大使的胡尚友。
也就是说淮安的协理漕运衙门属于山东总理衙门的分支，前者主要负责扬州至徐州段漕运事务，后者则主要负责徐州至北京的漕运段事务。
之所以如此，是因为中央政府考虑江北地区比山东繁荣，如果仍同明朝一样将漕运总督衙门设在淮安，除了让淮扬地区愈加繁荣，对于运河流经的山东地区无任何好处。
但要是将漕运总理衙门设在济宁，则能使济宁代表的山东南部地区获得一个政治及经济特权。
随着时间的发展，这个政治与经济带来的特权便可以让山东南部得到空前的发展，如此有利于整个山东地区的发展与建设。
因此在陆四的拍板下，总理漕运衙门改在了济宁。
大顺各省省会所设也大多遵循这一原则，即不将省级衙门设在人口多、经济较好地区，而是设在省内相对贫穷地区，以避免“富者更富，穷者更穷”的畸形发展现象出现。
现任淮安漕运协理是前明时期的漕运清江司主事宋庆，此人在投靠淮军后一直负责淮军的船队和辎重，后出任盐城县令负责盐业整顿。
淮扬地区改建江北省后，宋庆重新回到熟悉的漕运领域，任职漕运协理。从正七品的县令升为正四品的协理，肯定是高升，对于才36岁的宋庆而言，当真是前程锦绣，不可限量。
淮扬地区是淮军最早经营的地盘，漕运这一块恢复得也是最快，所以在宋庆的主持下，江北地区的漕运全部贯通，船只通行率也恢复到明万历时期的六成，极大促进了江北地区经济发展，也确保了北方地区的钱粮输送和贸易往来。
短期内，漕运仍将是联接大顺政权南北的大动脉，这一点哪怕志在开海远拓的陆四也不得不承认。
江北省还有一个正三品的衙门，便是设在盐城县东部海子里的江北清盐司。
清盐使便是当年在运河同余淮书一起发动河工起事的算命先生王二，由于在淮安事变中王二坚定支持“盟主”余淮书，事后虽没有被陆四诛杀，但也将其调离淮军。不过考虑到王二先生毕竟在起事之初对淮军的稳定和壮大起到了积极作用，故陆四命其率800兵丁前往盐城县主持清盐任务。