就在姚启圣突然感觉到自己跟施琅一直在争的指挥权没准并不是大功反而是个大坑时，康熙皇帝也正在为此事犯愁。
北京，紫禁城。
又看了一遍施琅和姚启圣这段时日连续上的奏折，康熙皇帝轻轻叹了口气。
作为异族统治者，他总是下意识地想要削弱、分摊底下汉人官员的权力。
故而最初施琅赴任福建水师提督时，他给施琅的命令是到任之后，就攻台事宜要与总督、巡抚、陆路提督、福州将军、兵部侍郎吴努春一同商讨。
也就是说在一开始，康熙出于防备汉人的天然心态，将讨伐东宁的指挥权一分为六。
这就闹出了很大的问题，总督姚启圣、陆路汉提督万正色、满提督诺迈、水师提督施琅、福州将军喇哈达均是从一品大员，而巡抚吴兴祚、侍郎吴努春也是二品大员。
好几个一品官员，康熙又没给分主次，该怎么攻打东宁几人吵成了一锅粥。
但凡有事不决，各大臣就要分别上奏康熙皇帝定夺，福州北京相距甚远，一来一回耗时颇久，这种指挥制度大大延误了战事的准备工作，原本今年攻台的计划只得无奈延后。
这期间更是发生了福州将军喇哈达和侍郎吴努春向兵部密告诬陷施琅预谋叛变一事，虽然事后查明是捕风捉影，但这事也给康熙皇帝敲响了警钟，不能继续这么下去了。
他当时果断下了谕旨道：“总督姚启圣统辖福建全省兵马，同提督施琅进取东宁，新任巡抚董国兴统管刑名钱粮诸务，不必进剿。”
一道谕旨将六人决策组缩减成二人决策组，但即使此时，以少数族裔统治多数族裔的少年君主仍未明确谁主谁次，下意识地不愿让权力集于一人之身，故而问题的关键并未得到解决。
被判出局的几人纷纷加入姚、施二人的阵营，分歧仍然存在，且愈演愈烈。
分歧的主要焦点在于进兵的时间和策略，姚启圣坚持要趁着冬季季风进军，分两路攻打澎湖、淡水，而施琅坚持在夏季季风时出兵，专取澎湖一处。
因为分歧未解决，本计划今年五月就出兵的施琅不得不搁浅进军计划，他只能在铜山水寨看着对岸一点点加强守备，建船造炮，心中忧愤不已，对姚启圣更是厌烦。
若只是延误了地方备战那也还好，但最让康熙皇帝焦虑的是因为姚、施二人的争端，在京大臣也形成了旗帜鲜明的两派，两边争执不休，可是把康熙皇帝给烦死了。
康熙皇帝又将二人的奏折细细看了一遍，一番权衡后仍无法下定决心是否该交由一人指挥。
他思索片刻，决定继续和稀泥，招呼顾问行按他的口述拟旨，申饬二人道：
“进剿海寇，关系重大，总督姚启圣、提督施琅，身在地方，务将海面形势、贼中情状审察确实，如有可破可剿之机，着协谋合虑，通力合作，酌行剿抚，切勿再擅起抵牾，错失良机。”