(千年篇此话开始――共十五话)
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时间隧道缘故；
样貌被改变。
千年前地球，
唯有无尽能源；
任务屡次失败；
寻宇宙之眼！
使命终完成，
三者到目的地；
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望着三者离去的背影，迪诺不禁为此哽咽。
.......
――“啊！！！”
一连串的尖叫声在时空隧道内响起，米瑞斯等人一进虫洞，便立马踩空，蓝光溢彩的时空隧道之中乃是万丈深渊，高速的下坠致使米瑞斯等人闭紧了自己的眼瞳。仿佛是蓝色隧道下有股巨大的引力，将他们吸引。
可他们并不知道，在他们尖叫的同时，自己的身躯也发生了极大的变化。
地球――
满是裂痕的天空乌云密布，死死笼罩着这没有一线生机的荒芜之地。天地之间似乎弥漫着末日般的气息，携着悍然的狂风席卷着粗壮的落叶，衬托出人类内心极为荒凉的一面。来来往往的人群里也是写满了焦急，眼看世界危机就要降临，他们不顾及漫天的飞沙走石，不理会无意被撞到的老幼群体，只为抢购那超市中仅有的人造油・抢购每天最后的人造水，甚至还在过分开采土地、砍伐树木。仅只是为了寻找新的能源。
乱世之中，没人可以独善其身。
距离赛尔号离开地球已经过去了十二年之久，这十二年之中。地球的可利用资源越来越少，不少国家都开始实行了能源配给制度，但却是无济于事，毕竟这样针扎始终是治标不治本。生活基本上只能靠赛尔号每个月开采的能量矿石来勉强支撑，但毕竟这是个居住了66.65亿人口的星球，光靠这些支撑是远远不够的。唯一期望的，是赛尔号寻回的无尽能源，只有这种能源，才能解救处于水深火热之中的地球。只是……过去的11年里
――寻找无尽能量的任务屡次失败。
中途时，人类一直强撑住内心的希望敌不过日积月累的失望。一次又一次无尽能源已去的消息，让人类对于赛尔号存在的价值产生了动摇，赛尔号的制造者们已无法安抚失望的人民，打算让赛尔号返航！可就是偶然发现的机密使人类重新点燃了熄灭的失望。继而夜以继日的期盼赛尔号的归来。
赛尔号日复一日的寻找宇宙之眼，那是一个酷似蓝色眼睛的美丽天体，每次绽放又及其诱惑。曾经，地球也派有不少赛尔战士和与宇航员寻找过它，只是无一幸存回来。渐渐的，科学家们把宇宙之眼这个概念当成是一种科学假说，如果不是这次赛尔号证实了宇宙之眼的存在，人类也不会再次起航寻找他。
终于，在赛尔号和赛尔先锋战斗小队的努力之下。赛尔号还是不辜负大众所望，寻找到了神秘的宇宙之眼！而米瑞斯他们这次来临的地球的时间，就是地球能源极度告急的这一时刻，恰巧是在赛尔号即将抵达地球的前一天。