赵昺自指挥第一次作战，就已经发现在“交通基本靠走，通信基本靠吼”的古代，要想在战场上有效指挥“大兵团”作战是一件非常困难的事。而他也发现各部使用的各式旗帜绝非是为了好看和以壮军威之用，这乃是为了能够有效指挥作战，除了金鼓之外的又一重要即时通讯工具。
古代中国军队用联络旗指挥全军行军赶路，主将在牙旗下发号施令，各部将领得令后挥动将旗命令士兵准备布阵进攻，士兵在号旗的带领下冲锋杀敌：
联络旗在行军时用于前军与后军的联系。古代因为信奉五行学说，所以联络旗的颜色各有所指。青色，属木，如果先头部队遇到山林障碍需要开道时，就会举起青旗。赤色，属火，如果军队遇到地势险要，高山峡谷之地时，便需要防敌人火攻，举红旗示警。
白色，属金，一旦遭遇到敌兵，就要迅速集结兵力，摆开阵型迎战，举白旗为令，而白旗表示投降其实是近代之后的概念，且更多的是表示休战。黑色，属水，如果行军路线上有沼泽或者溪流等，就会举起黑旗。黄色，属土，如果前方一马平川，畅通无阻，举黄旗示意。
号旗是指挥官发号军令之用，当军队冲锋时，号旗在哪里，士兵们就冲向哪里。指挥将领根据号旗所在的方位可以判断出战线推进的进度，并能清楚地看清战果以及军队战损情况。有的号旗上会绣有国号，在混战时可以使士兵通过号旗的颜色区分敌我，以免误伤友军。
由于号旗可以大量携带，可以此来显得己方兵多将广，挥舞起来气势如虹，能鼓舞士气。这便也给指挥者用计的余地，通过增减号旗来迷惑敌军，韩信背水一战时，就曾率二千骑兵携赤色号旗遍插赵军大营，导致敌军误以为大营被端，全军溃败。
古人在长期的战争实践中，受天文星象启迪，结合五行，摸索出了一套行军布阵的方法，发明了“五行军阵”。其中蕴含了先人对于天象、地理、宇宙空间的基本认识，而阵旗就是阵法的核心与灵魂：青龙白虎掌四方，朱雀玄武顺阴阳。军前宜捷，前用朱雀；军后宜殿，后用玄武；军左为阳，左用青龙；军右为阴，右用白虎。后世诸多阵法、阵旗都以此为基础发展，再将五色、五旗等观念融会贯通，变幻无穷，进攻时阵旗一挥，严阵以待，攻防合一。
在战场上，军队一般分为五大营，即前营，中营，后营，左营，右营，将旗则代表各营将领，他们就在将旗之下，一般情况下将领不会放弃指挥冲锋杀敌，否则会发生混乱。只要将领挥动己方阵营的旗帜，士兵就会立刻准备迎战，且作战时士兵要拼死保卫将旗，一旦将旗被砍，这支部队就不复存在了。
而将旗分用红，黄，蓝，白，黑五种颜色，每种颜色都有各自的属性。面朝的方向是前方，即南方，五行属火，火为红色，所以前营用红旗；脚下所立之处为中央，即五行属土，土为黄色，所以中营用黄旗；左手的方向即东方，五行属木，木之色属青，所以左营用蓝旗；右手方向即西方，五行属金，金之色为白，所以右营用白旗；面所背的方向为后，即北方，五行为水，水之色为黑，所以后营用黑旗。