按照赵昺对国体的设想，要分成两大部分，即内廷和外朝。内廷自不必言，那是他自己的后花园，可以自己做出相应的调整。外朝则分为决策、审核、办事、监察及武装五个大方面，由此衍生出相应的下级机关。
根据历朝的经验，由于三省事权分立，往往产生弊端，尤其是掌握出令权的中书省和掌握政令审核的门下省不时因政见不同而互相扯皮、推委搪塞。中书门下合二为一的制度可以提高行政效率，赵昺以为可以参照设置，但是对其的职能要做出调整。
中书门下省作为国家的最高行政决策机关，负责国家法律的制定和修改，并监督律法的实施；制定国家的发展战略，规划经济的发展目标；根据皇帝的提名，审核三品以上官员的任命；根据皇帝和相应部门的提名，审核和授予国公一下爵位；负责审查和批准地方建置和区划；审查和批准国家预算及执行情况；对外政策的制定；对于皇室相关问题进行建议等等。
中书门下省设左、右相，分管中书和门下事务，由正一品或从一品官员担任。下设国是院、政务院、律政院、总计院、督察院、审刑院和事务司。以六院一司组成中书门下省的构架，分由三品及从三品官员组成。各院设知事领院事，称知某院事，院以下设案分管诸事，以主事领之。
赵昺将过去由自己控制分管预算和资金管理的总计司，从内廷剥离，成为中书门下的机构，又外朝管理国家财政的预决算。看似放弃了财权，其实也是给自己减负，如今国家财政已经过于依赖内库，有事没事就跟他要钱，长此以往他也负担不起，不若两厢分算。
尚书省是国家行政事务的具体执行机构，领六部处理一应事务。但是过去赵昺实施的是三省合一的制度，以此来提高行政效率。但是尚书省就成了集决策、审核及执行三政合一的机构，权力过去集中，从长远看并不利于国家的发展，且尚书左、右相的权力太大，足以威胁皇帝的地位。
此次改制就是将尚书省的决策权和审核权分离出去，使它回归本来面目，只作为事务机构存在。其的机构和事务经过几次调整，早已成熟，保持现状即可，并不需要做出大幅度的调整。仍以左右两相分领尚书省，设参知政事协助两相工作。
不过为了体现中书门下省是国家最高行政机构，尚书省左、右两相的品级，赵昺将其下调为从一品或是正二品，而六部尚书也相应调整为从二品和正三品。
监督机构自然是御史台。这个机构也是早就有的，只需做出局部调整，赵昺恢复以御史大夫为主官的传统。过去中唐之後，御史大夫多缺，仅作加官用，御史中丞为实际上的主官。且御史也是为寄禄官，不理御史台事，监察事务实际由门下省给事中、拾遗等官充任。
此次，赵昺改制对御史台的权力进行了加强，保留了台院、谏院、殿院和察院的设置，又将大理寺归于其管理。如此一来其真正做到了上可对皇帝的错误进行指正，中可对百官进行监察，下可对地方胥吏都能进行督查和惩处，且能刑狱案件进行复核，从而实现了对权力的全方位监督。