破城后，魏兵“屠丸都”，杀死八千余人，唯独对昔日曾死谏国王莫犯魏国的沛者得来一家网开一面，不加处罚。“俭令诸军不坏其墓，不伐其树，得其妻子，皆放遣之。”平叛之后，在当地穿山凿渠，援助居民农业灌溉及交通建设，恩威并济，加强魏国影响力。
正始六年（245年），流亡的位宫迁都复辟，意图再次反叛，毋丘俭率军再征高句丽。位宫望风而逃，奔买沟（今朝鲜咸北会宁）。魏军摧毁其陪都不耐城（又称国内城，今吉林集安市境内。
毋丘俭决心扫荡远东，将高句丽经营数百年的势力连根拔除，同时震慑四夷，于丸都城墟兵分两路，一路派玄菟太守王颀带兵继续北上寒地，夺取句骊北部地区，顺带搜捕东川王，另一路由乐浪太守刘茂、带方太守弓遵率军南下，扫荡朝鲜半岛，清除高句丽的同盟、附庸势力。自领余部，坐镇丸都，降服周边地区。
毋丘俭遣王颀出使扶余国（高句丽北），获得扶余王位居支持。位居向来亲善魏国，遣人运送军粮供给魏军。王颀率北路远征军继续追击位宫，于竹岭大破高句丽残部。位宫军死伤惨重，溃不成军，位宫本人侥幸突围，再度携妻女亲信北逃。王颀军乘胜追击，于东沃沮（南沃沮）境内再败高句丽仆从军，将收留、协助过高句丽王的邑落攻破、清算，斩首三千余级，以此警告东胡各国（部）。东沃沮降。位宫亡命至北沃沮（置沟娄）境内，已无人敢施以援助，唯恐招来魏军报复。魏军仍然穷追不舍，位宫继续北逃，远走肃慎，于次年病死。王颀军亦深入苦寒，过北沃沮再度追击千余里，经挹娄国，一直抵达肃慎南界，（今俄罗斯滨海地区）临海问岛（一说今北海道岛），方才罢休。至此，高句丽在毋丘俭和王颀等人的打击下，名存实亡，领土悉数并入玄菟郡。
而另一支南征魏军也是连战连捷。弓遵、刘茂先是协力击溃濊貊各邑联军并逼迫不耐濊侯举邑投降，与高句丽断交，勒令其定期至郡城向魏国官员宣誓效忠，并接收濊貊当地居民户籍、税赋、劳役。从而将东汉初年废弃的临屯郡（在今朝鲜半岛中东部）故地也再次收入版图。魏军传檄布告半岛，要求南部的辰韩等八国归并魏国乐浪郡。因翻译有误，招致诸韩起兵反抗，攻击带方郡。弓遵、太守刘茂一同带兵南下平叛，合带方、乐浪、新地（临屯）三郡之力，彻底打垮韩军，并灭亡辰韩，成功镇压韩人起义，结束了半岛战争。中原王朝对朝鲜半岛的实际统治版图、控制力度达到了空前的规模。
整个征服战争至正始六年（245年）年初基本结束，毋丘俭、王颀、寇娄敦等远征军指挥官于国内城遗址立下石碑，传于后世。并于正始六年（245年）五月班师凯旋，王颀、刘茂等地方官留守当地。将士们论功受赏，封侯的人达到百人以上。（注：据《三国史记》载，高句丽以诈降计刺杀王颀，打败魏追兵。此事不见于中国史籍，且王颀亦领带方太守、后参与邓艾伐蜀，应为其吹嘘之语，或者误认他人）魏军两次征讨，每次均俘获高句丽人口数千，并将他们迁入内地。