吏部，相当于当下的组织干部部，包括文选、考功、验封、稽勋四清吏司；户部，相当于当下的财政部、央行、国资委、国土资源部及民政部等的综合体，下边分设主管各省的司局；礼部，相当于当下宣传部、教育部、文化部、外交部等；兵部，相当于当下国防部和四总部；刑部，相关于当下公检法等司法机关；工部，相关于当下建设部和水利部及农垦局等。
六部有哪些职责各部尚书虽然品级相同，但重要程度还是有先后的。一般是按照富、贵、威、武、贫、贱，来给六部来排序的。
富是指户部，户部管钱粮，所以户部象征着富；贵指吏部，吏部管京里京外的大小官员，所以吏部占个贵字；威是指刑部，刑部堂审案时要喊威武，所以刑部确实威风八面；武是指兵部，其主管战事、刀枪、粮秣，也算名副其实；贫是指礼部，其管教化，清水衙门，贫很正常；而贱是指工部，由于其往来打交道的都是工匠，他们操的是贱业，所以工部得一贱字。
在三省六部制的行政流程里，中书省负责起草诏令，门下省负责封驳诏令，尚书省负责执行诏令。而中书省起草的诏令代表的是皇帝的旨意，门下省审核和封驳这些诏令不就是在审核皇帝的旨意吗？是不是意味着皇权实际上会受到三省制的限制呢？
确切地说，赵昺认为是有的，虽然皇帝制度或皇帝称号已然决定了皇权是至高无上的，没有人能限制或制约皇权。但因为皇帝行使权力时需要通过一定的人员和机构，按照一定的程序和方式进行。三省六部制就从制度上为臣下提供了约束皇帝的行为从而让其不滥用皇权的可能。
赵昺深受其‘害’的就是封驳，他下达的旨意需要中书起草，门下负责审核。门下省若是觉得诏书有问题，就会涂改诏书然后打回，这种行为有个专用称呼，叫做涂归。而门下省不仅仅审核皇帝的制诏，各地方、各部门上奏给皇帝的奏章，也是必须先经过门下省审核。
如果这份奏疏所讲的事情，门下省认为合理，就签署审核意见，交由中书省讨论并呈送皇帝御览，如果门下省认为不合理，就签署反对的意见，打回去。由此可见中书省、门下省都在一定程度上干预皇帝的言行，力图使皇帝的所作所为在制度框架内，以使皇帝不能专权。
当初赵昺嫌自己的权利受到制约，后来以提高行政效率为名，将中书门下虚置，变成了有名无实的单位。而重大事宜则由左、右相和参知政事及枢密院正副使组织堂议，或增加六部尚书同堂议事。一旦得以通过，由他在决意上加盖印玺，旨意直接下达给六部或各军执行。
而赵昺的‘私旨’只要不是涉及国事，只需左、右相或是值守的参知政事签署就可以发送六部或地方执行。而后设立军机处也是以挤压相权为目的，后来一连起草诏书和审核奏章也交由御前办处理，以致有人将御前办主事称为‘内相’，有了取代外朝的趋势。
所以赵昺虽然当初建立御前办只是想减轻自己的工作压力，协助自己分类整理文件，收集资料和保管重要文件，对接中央和地方部门工作，而成立的秘书处。但实际上当下的御前办已经有了中书省和门下省的一些职能，参与到重大事件的前期决策，从而在一定程度上影响到了朝廷的运作程序和事件走向。